Table des matières

• Informations légales.
• Notice explicative.
  • Utilisation de niveaux de titres.
  • Conventions concernant l'Utilisation de références et formules mathématiques.
  • Conventions concernant la Description de figures.
• Quatrième de couverture.
• Sommaire.
• Préface.
• Avant-propos.
• Introduction. L’écologie, science pluridisciplinaire.
  • 1. L’écologie, une discipline à la croisée des sciences de la vie, de la matière et de l’homme.
    • Biodiversité et écologie.
  • 2. Niveaux d’organisation en écologie.
    • 2.1. Les systèmes écologiques.
    • 2.2. Interactions entre niveaux d’organisation.
      • Des niveaux aux frontières floues.
      • L’écologie, entre holisme et réductionnisme.
      • Prévalence de la malaria : rôle des différents niveaux d’organisation.
  • 3. Approches fonctionnelle, évolutive et anthropo-écologique.
    • 3.1 Sciences de la nature.
      • Écologie fonctionnelle.
      • Écologie évolutive.
    • 3.2. Approche anthropo-écologique.
      • Antropobiomes.
  • 4. Les applications de l’écologie.
    • 4.1 Les changements globaux.
    • 4.2. Exploitation durable des écosystèmes.
      • Économie écologique.
    • 4.3. Maintien des fonctions écosystémiques majeures.
    • 4.4. Préservation de la biodiversité.
      • Comment caractériser la biodiversité ?
      • Métaphores et conceptions des relations homme-biodiversité.
      • Les objectifs de Rio.
  • 5. Les conceptions de la nature.
    • 5.1 De l’équilibre de la nature au patrimoine naturel.
    • 5.2 Artificialisation des écosystèmes.
      • Les écosystèmes émergents.
      • Géo-ingénierie.
        • Limites fonctionnelles de la geo-ingénierie : l’expérience Biosphère.
      • Écologie de la restauration.
      • Conséquences de l’artificialisation des écosystèmes.
    • 5.3. Écologie scientifique et écologie politique.
  • 6. Plan général du livre.
• Chapitre 1. Dynamique et génétique des populations.
  • 1. Dynamique des populations.
    • 1.1 Estimation des paramètres de dynamique des populations : méthodes de capture-marquage-recapture.
    • 1.2. Régulation densité-dépendante : le modèle logistique.
      • Capacité de charge.
      • Variation du recrutement avec l’effectif.
    • 1.3 Capacité de charge selon l’espèce.
      • Variation de la capacité de charge d’un habitat pour une espèce.
      • Capacité de charge de la biosphère pour l’homme.
      • Le modèle malthusien.
      • Système céréales-élevage : un modèle démo-étatique.
    • 1.4. Dynamique des petites populations.
      • Effet "Allee".
      • Effet du hasard sur les petites populations.
        • Stochasticité démographique.
        • Stochasticité environnementale.
      • Le vortex d’extinction des petites populations.
  • 2. Métapopulations.
    • Métapopulation et paysage.
    • 2.1. Viabilité d’une métapopulation composée de populations identiques.
      • Qualité de la matrice.
      • Dette d’extinction.
    • 2.2. Variation spatiale de la qualité des sites et de la matrice.
      • Perméabilité de la matrice : conceptions des trames verte et bleue.
  • 3. Introduction à la génétique des populations.
    • 3.1. Du gène à la structure génétique des populations.
      • Le système génétique monolocus bi-allélique.
      • Correspondance entre phénotype et génotype.
      • Structure génétique d’une population.
    • 3.2 Les pressions évolutives.
      • Mutation.
      • Sélection.
        • Notion de valeur sélective.
      • Hasard : la dérive génétique.
      • Migration.
    • 3.3. Régime de reproduction.
    • 3.4. La loi de Hardy-Weinberg.
  • 4. Effets de la sélection.
    • 4.1 Dynamique d’invasion d’un allèle avantageux.
    • 4.2. Retarder l’invasion d’un allèle de résistance aux pesticides : les zones refuges.
  • 5. Sélection et fardeaux génétiques.
    • 5.1. Fardeau génétique.
      • Changements globaux et fardeaux génétiques.
    • 5.2. Sélection et fardeau génétique.
      • Sélection fréquence-dépendante.
      • Sélection sexuelle.
      • Un cheval de Troie chez les saumons.
  • 6. Équilibre mutation-sélection.
    • 6.1. Fardeau de mutations d’une population infinie.
      • Fardeau à l’échelle du génome.
    • 6.2. Dépression de consanguinité et récessivité des allèles délétères.
  • 7. Les effets de la dérive génétique.
    • 7.1. Fardeau génétique en petites populations : équilibre mutation-sélection-dérive.
    • 7.2. Viabilité génétique des petites populations.
      • Effet de l’intensité de l’effet délétère.
      • Taille minimale viable.
  • 8. Interactions entre migration, sélection et dérive.
    • 8.1. Échanges génétiques entre formes cultivées et sauvages.
    • 8.2. Interaction dérive-sélection-migration : restauration génétique des petites populations.
      • Immigration : impact sur la dynamique de différents types d’allèles.
• Chapitre 2. Interactions directes entre populations.
  • 1. Compétition.
    • 1.1. Principe de Gause.
    • 1.2. Effets de la variabilité des paramètres.
  • 2. Compétition, les modèles ressources-consommateurs.
    • 2.1. Compétition pour une ressource.
      • Le principe d’invasion R*. (R étoile)
    • 2.2. Compétition pour deux ressources.
      • Ressources substituables.
      • Cas d’une seule espèce.
      • Cas de deux espèces.
      • Ressources essentielles.
      • Coexistence de [ ] n [ ] espèces.
    • 2.3. Variabilité spatio-temporelle des ressources.
    • 2.4. Fantôme de la compétition.
      • Compétition et déplacement des caractères.
  • 3. Relations prédateurs-proies.
    • 3.1. Équilibre de Lotka-Volterra.
      • Principe de Volterra.
    • 3.2. Variation du taux de prédation.
      • Satiété du prédateur : prédateurs de type II.
      • Cycles proies-prédateurs.
        • •Paradoxe de l’enrichissement.
      • Basculement du régime alimentaire : prédateurs de type III.
    • 3.3. Populations cycliques.
    • 3.4. Effets des prédateurs embusqués et coureurs.
  • 4. Autres interactions.
    • 4.1. Interactions hôtes-parasites : le modèle S I R.
      • Importance de l’effectif des populations d’hôtes.
      • Rôle de la vaccination.
        • Efficacités relatives de l’élimination des individus infectés et de la vaccination.
      • Territorialité et contrôle des maladies.
    • 4.2. Mutualisme et symbiose.
  • Annexe. Coévolution des mécanismes de défense et de résistance entre proies et prédateurs.
    • Défenses des plantes.
      • Détoxification.
      • Induction et communication chimique.
      • Toxicité en chaîne.
    • Une stratégie opportuniste, la bioaccumulation de toxines.
    • Toxicité et défenses animales.
      • Mimétisme mullérien.
      • Mimétisme batésien.
    • Points chauds et points froids de coévolution.
    • Ressources génétiques et pharmacologiques.
      • L’hypothèse de la reine rouge et la course aux armements.
• Chapitre 3. Biocénoses : organisation des réseaux écologiques.
  • 1. Organisation trophique des biocénoses.
    • 1.1. Catégories trophiques fondamentales.
    • 1.2. Niveaux trophiques.
    • 1.3. Chaînes trophiques.
    • 1.4. Variation du niveau trophique des espèces.
      • Variation du niveau trophique moyen des écosystèmes marins.
  • 2. Niveaux trophiques et contraintes métaboliques.
    • 2.1. Production primaire.
    • 2.2. Rendement écologique et longueur des chaînes trophiques.
    • 2.3. Contraintes métaboliques et écologie des espèces.
      • Le taux de métabolisme.
      • Déterminants du métabolisme.
      • Relations d’allométrie entre caractères biologiques.
      • Relation entre densité des populations et masse des individus.
        • Densité des carnivores terrestres.
        • Application : comparaison entre densités attendues et observées.
      • Capacité de charge et syndrome d’insularité.
        • Superprédateurs des îles.
        • Insularité et régime alimentaire.
        • Nanisme insulaire.
        • Insularité et vulnérabilité des espèces proies.
  • 3. Organisation des réseaux écologiques.
    • 3.1. Complexité et connectivité d’un réseau écologique.
      • Relations entre richesse spécifique, connectivité et intensité des interactions.
    • 3.2. Modularité des réseaux.
    • 3.3. Rôle topologique des espèces au sein d’un réseau modulaire.
  • 4. Modèles d’organisation des réseaux écologiques.
    • 4.1. Modèles en niches et emboîtement des régimes alimentaires.
    • 4.2. Prédiction des régimes alimentaires.
      • Contrainte évolutive : théorie de l’optimisation de la prédation.
      • Contrainte fonctionnelle : relations d’allométrie entre masse et profitabilité.
  • 5. Propriétés dynamiques des chaînes trophiques.
    • Effets du réseau trophique sur la dynamique des stocks de poissons.
      • Les superprédateurs sont-ils des compétiteurs de l’homme ?
    • 5.1. Un modèle à trois niveaux trophiques.
    • 5.2. Contrôle descendant.
      • Les cascades trophiques.
        • Effets de l’arrivée des orques dans les îles Aléoutiennes.
        • Effets des mésocarnivores : exemple des chats dans les banlieues californiennes.
    • 5.3. Contrôle ascendant.
    • 5.4. Chaînes trophiques : contrôle ascendant ou descendant ?
      • Impact de la diversité sur le sens du contrôle.
      • Effet rebond avec contrôle ascendant et descendant.
  • 6. Propriétés dynamiques des réseaux trophiques.
    • 6.1. Asymétrie des interactions trophiques et rôle des niveaux trophiques supérieurs.
      • Rôle de l’asymétrie des interactions.
      • Rôle clef de voûte des superprédateurs.
    • 6.2. Couplage trophique entre réseaux voisins.
      • Réponse à la prolifération des ravageurs : exemple de la tordeuse de l’épinette.
      • Interactions entre fragmentation et rôle des niveaux trophiques supérieurs.
      • Imbrication des réseaux trophiques.
• Chapitre 4. Écosystèmes : couplage entre biocénose et biotope.
  • 1. Stocks et flux de matière : notion de cycle biogéochimique.
    • 1.1. Relation entre stocks et flux de nutriments au sein d’un écosystème.
      • Exemple du phosphore en région tropicale et tempérée.
    • 1.2. Différents types de flux.
      • Flux entre biosphère et lithosphère.
        • Flux entrants dans la biosphère.
        • Flux sortants de la biosphère : la sédimentation.
        • Variation des flux à échelle géologique : le cycle de Wilson.
      • Flux entre compartiments de la biosphère.
      • Importance du recyclage.
  • 2. Les grands cycles biogéochimiques.
    • 2.1. Cycle de l’eau.
      • Modification des flux d’eau par les hommes.
      • Zones océaniques de remontée des eaux.
    • 2.2. Cycle du carbone.
      • Stocks et flux de carbone dans les écosystèmes terrestres.
        • 1.
        • 2.
      • Cycle du méthane.
        • Production de méthane et activités humaines.
        • Variations de la teneur en méthane de l’atmosphère.
      • Stocks et flux dans les écosystèmes marins.
        • Variation selon les niveaux trophiques, effet des interactions.
        • Géo-ingénierie.
      • Flux entre biosphère et lithosphère.
    • 2.3. Cycle de l’azote.
      • Relations entre les formes organiques et minérales.
      • Stocks et flux d’azote.
      • Effet des activités humaines.
    • 2.4. Cycle du phosphore.
    • 2.5. Couplage entre cycles biogéochimiques.
      • Distribution des légumineuses et disponibilité en azote.
      • Réponse des écosystèmes aux changements globaux.
  • 3. Impact de la biocénose sur le biotope.
    • 3.1. Notion d’« ingénieur de l’écosystème ».
      • Organisme : Bactéries.
        • Activité d'ingénieur :
      • Organisme : Protistes, algues, lichens.
        • Activité d'ingénieur :
      • Organisme : Champignons.
        • Activité d'ingénieur.
      • Organisme : Plantes.
        • Activité d'ingénieur.
      • Organisme : Animaux.
        • Activité d'ingénieur.
      • Exemple des sols.
    • 3.2. Relations entre les êtres vivants et leur milieu : la niche écologique.
      • Définition 1 : la niche comme ensemble des exigences de l’espèce.
      • Niche fondamentale et niche réalisée.
        • Prévision des effets des changements climatiques.
      • Définition 2 : la niche comme rôle de l’espèce au sein de l’écosystème.
    • 3.3. Construction de niche.
      • Agriculture animale.
        • Le cas des fourmis coupeuses de feuilles.
  • 4. Évolution du couplage biocénose-biotope.
    • 4.1. Écoévolution.
      • Sélection système-dépendante et prédectibilité.
      • Effets de la sélection naturelle sur les propriétés des écosystèmes.
      • Sélection à niveaux multiples et propriétés des écosystèmes.
    • 4.2. Sélection et homéostasie des écosystèmes : l’hypothèse Gaïa.
      • Le modèle « marguerites »
      • Propriétés émergentes du modèle « marguerites »
      • Les limites de l’hypothèse Gaïa.
  • 5. Conclusion : les écosystèmes en tant que systèmes adaptatifs complexes.
    • 5.1. Définition des C A S.
      • Propriétés émergentes des C A S.
    • 5.2. Écoévolution et réponse des écosystèmes aux changements globaux.
      • Cas des forêts tropicales et des changements climatiques.
• Chapitre 5. Stabilité et résilience des écosystèmes.
  • Nature et impact des perturbations.
  • Réponse des écosystèmes aux perturbations.
  • 1. Les successions écologiques.
    • 1.1. Description générale et types de succession.
      • Facilitation.
      • Succession primaire.
      • Succession secondaire.
    • 1.2. Variation des communautés au cours d’une succession.
      • Productivité.
      • Diversité spécifique.
    • 1.3. La notion de climax ou état stable après succession.
      • Composition des biocénoses : les deux conceptions du climax.
      • Définition des états climaciques.
      • Fréquence des états climaciques : durée des successions et effets des changements globaux.
      • Successions sans climax.
  • 2. États stables alternatifs.
    • 2.1. Cas de l’eutrophisation.
    • 2.2. Rôle des niveaux trophiques supérieurs.
      • Cas des écosystèmes récifaux des Caraïbes.
      • Impact de la diversité des niveaux trophiques inférieurs.
    • 2.3. Anticipation du basculement.
      • Variabilité de l’état de l’écosystème.
    • 2.4. Résilience : réponse aux perturbations.
  • 3. Diminutions endogènes de la stabilité des écosystèmes.
    • 3.1 Cas de la prolifération de la tordeuse de l’épinette.
      • Différents types d’équilibres.
      • Causes des cycles de prolifération des ravageurs.
      • Rôle de la densité en oiseaux.
    • 3.2. Mécanismes endogènes diminuant la stabilité des écosystèmes.
      • Impact des dynamiques écologiques.
      • Impact des facteurs évolutifs.
        • Cas de la malaria.
        • Cas des populations exploitées.
  • 4. Théorie des cycles adaptatifs : les notions de stabilité et de résilience revisitées.
    • 4.1. Théorie des cycles adaptatifs.
      • Un cycle adaptatif à quatre phases.
      • Cycle simplifié en deux phases.
    • 4.2. Résilience et cycles adaptatifs.
      • Fréquence des perturbations.
      • Rôle de la diversité biologique.
      • Micro et macroperturbations.
      • Gamme de variation de la variable de forçage et variation des valeurs seuils.
        • Cas de la déforestation en milieu tropical.
      • Indicateurs de résilience.
  • 5. Socio-écosystèmes : couplage entre écosystèmes et sociétés humaines.
    • 5.1. États stables alternatifs et conflits d’usage.
      • Critères d’arbitrage entre les conflits d’usage.
    • 5.2. Résilience : conflit entre objectifs individuels et collectifs.
      • Cas du pâturage en milieu aride.
    • 5.3. Pathologie de gestion des ressources communes.
      • Asymétrie de réponse aux variations environnementales : le cliquet de Ludwig.
    • 5.4. Exemple : la gestion de l’eutrophisation des écosystèmes aquatiques.
    • 5.5. La gestion adaptative.
• Chapitre 6. Diversité spécifique au sein des communautés : patrons et processus.
  • Diversité biologique et notion d’espèce.
  • 1. Rôle de l’espace.
    • 1.1. Relation surface-espèces : la loi d’Arrhenius.
    • 1.2. Cas des micro-organismes.
    • 1.3. Biogéographie des îles.
      • Syndrome d’insularité.
      • Écologie du paysage.
    • 1.4. Impact de la fragmentation des habitats.
      • Cinétique des extinctions après disparition d’un habitat.
    • 1.5. Dette d’extinction associée à la disparition des habitats.
      • Dettes d’extinction dues à la déforestation en Europe et en Afrique.
    • 1.6. Impact de la transformation des habitats : la relation habitat-espèces.
      • Conséquences pour le déclin et la préservation de la biodiversité.
  • 2. La théorie neutraliste de la biodiversité.
    • Hypothèse d’équivalence écologique des espèces.
    • Dynamique du nombre d’espèces.
    • 2.1. Diversité régionale.
      • Variations du nombre fondamental de la biodiversité.
      • Distribution de l’abondance des espèces.
      • Le paradoxe de Hutchinson éclairé par la théorie neutraliste.
    • 2.2. Diversité locale.
  • 3. Diversité et mode d’utilisation des ressources.
    • 3.1. Compétition et limite de similarité entre espèces.
      • Processus d’agrégation phénotypique.
      • Notions de redondance et de pseudo-redondance écologique entre espèces.
    • 3.2. Diversité et quantité de ressources disponibles.
      • Paradoxe de l’enrichissement du milieu.
      • Impacts de la taille des communautés.
      • Effets de l’adaptation.
      • Observations in situ.
  • 4. Diversité et perturbations.
    • 4.1. Variations de diversité au cours d’une succession.
      • Communautés structurées par les effets de fondation.
      • Communautés structurées par la compétition.
        • Le gradient "petit r-K".
      • Succession et théorie ressources-consommateurs.
    • 4.2. Diversité à l’échelle du paysage.
      • Principe de la perturbation intermédiaire.
      • Effets de la disparition des habitats sur la composition des communautés.
  • 5. Diversité et Interactions trophiques.
    • 5.1. Effets de la prédation.
    • 5.2. Effets du parasitisme.
    • 5.3. Corrélation entre les diversités des différents niveaux trophiques.
  • 6. Biogéographie.
    • 6.1. Variations de diversité avec la latitude.
      • Variation des relations trophiques avec la latitude.
      • Rôle de la fragmentation des biomes.
    • 6.2. Impact attendu des changements climatiques : effets de la surface disponible et de la fragmentation des habitats.
    • 6.3. Les points chauds de diversité.
      • Distribution de la richesse spécifique des différents groupes taxonomiques.
      • Relations entre richesse spécifique, endémisme et rareté.
    • 6.4. Choix des espaces protégés.
      • Espaces protégés, conséquences à moyen terme.
• Chapitre 7. Importance de la biodiversité pour l’homme : services écosystémiques, rôle de la diversité spécifique et génétique.
  • 1. Notions de base sur les services écosystémiques.
    • 1.1. Les quatre catégories de services écosystémiques.
      • Les services d’approvisionnement.
      • Les services de régulation environnementale et de support des écosystèmes.
      • Les services culturels.
    • 1.2. Relations entre services écosystémiques.
      • Services écosystémiques associés aux différents écosystèmes.
      • Interdépendance des écosystèmes.
      • Rayon d’action des services écosystémiques.
    • 1.3. Choix entre services écosystémiques.
  • 2. Importance des services écosystémiques : les valeurs de la biodiversité.
    • 2.1. Enjeux et valeurs associés au maintien des services écosystémiques.
    • 2.2 Différents types d’évaluation monétaire.
      • Évaluation du bénéfice associé au maintien d’un service écosystémique.
      • Évaluation du coût de la restauration ou de la solution alternative.
      • Évaluation des dommages évités.
      • Évaluation de services culturels.
    • 2.3. Autres méthodes d’évaluation.
      • Valeur énergétique.
      • Valeur écologique.
      • Attitudes et jugements, préférences et valeurs collectives.
  • 3. Services écosystémiques : rôle de la composition et de l’organisation des écosystèmes.
    • 3.1. Services et fonctions écosystémiques.
    • 3.2 Rôles de différents groupes fonctionnels.
    • 3.3. Importance des réseaux écologiques.
      • Le contrôle biologique.
      • Résistance aux épidémies.
        • Perspectives apportées par une prise en compte de l’ensemble du réseau écologique.
    • 3.4. Relations avec les propriétés des groupes fonctionnels.
  • 4. Diversité génospécifique et productivité des écosystèmes.
    • 4.1. Mécanismes généraux.
      • Effet d’échantillonnage.
      • Complémentarité de niche.
      • Facilitation entre espèces.
      • Diversité et réponse aux modifications de l’environnement.
    • 4.2. Vérification expérimentale.
    • 4.3. Comparaisons d’écosystèmes in situ.
      • Cas des îles.
      • Productivité et fragmentation des écosystèmes.
    • 4.4. Effet de l’hétérogénéité spatiale du milieu.
  • 5. Diversité et stabilité des communautés.
    • 5.1. Diversité et stabilité : le modèle de May.
      • Relation entre stabilité de la communauté et des populations.
    • 5.2. Le modèle de Kondoh : rôle de la plasticité et de l’adaptation.
  • 6. Diversité et réponse aux changements environnementaux.
    • 6.1. Réponse aux perturbations d’origine abiotique.
      • Validation expérimentale.
      • Observations in situ.
      • Cas des micro-organismes.
        • Réponse des communautés planctoniques à l’eutrophisation.
    • 6.2. Résistance aux épidémies.
      • Cas des maladies humaines : exemple de la borréliose ou maladie de Lyme.
      • Diversité et écologie de la santé.
    • 6.3. Diversité et agriculture.
      • Gestion de la résistance aux pathogènes.
      • Diversité et productivité agricole : expériences menées sur le riz.
    • 6.4. Prédictibilité de la réponse aux changements globaux.
  • 7. La relation diversité-fonctionnement des écosystèmes.
    • Variation selon les services écosystémiques et selon les échelles.
• Chapitre 8. La crise actuelle de biodiversité : mesure, analyse et enjeux.
  • 1. Dynamique de la biodiversité.
    • 1.1. Diminution du nombre d’espèces.
    • 1.2. Espèces menacées.
      • Évaluation du statut de conservation des espèces.
    • 1.3. Changements des biocénoses.
      • Homogénéisation biotique.
        • Mesure et analyse de l’homogénéisation biotique.
        • Conséquences fonctionnelles de l’homogénéisation biotique.
      • Diminution de l’indice trophique marin.
    • 1.4. Variabilité génétique.
    • 1.5. Diversité des écosystèmes.
    • 1.6. État des services écosystémiques.
  • 2. Causes proximales du déclin de la biodiversité.
    • 2.1 Transformation des habitats.
      • Impact de la transformation des habitats sur le nombre d’espèces.
    • 2.2. Modifications des cycles biogéochimiques.
      • Changements climatiques.
        • Réponses des espèces aux changements climatiques.
        • Réponse de l’indice thermique des communautés au réchauffement climatique.
      • Pollutions.
    • 2.3. Invasions biologiques.
      • Rôle de la transformation des habitats.
    • 2.4. Surexploitation d’espèces.
    • 2.5. Extinctions en chaîne.
  • 3. Causes distales du déclin de la biodiversité : couplage entre socio-économie et biodiversité.
    • 3.1. Ressources captées par l’homme.
      • Indicateur de l’impact humain : l’empreinte écologique.
      • Répartition de l’empreinte écologique de l’humanité.
    • 3.2. Composante de l'empreinte écologique, la relation I égal P multiplié par A multiplié par T.
      • Impact des technologies.
      • Les effets rebonds, conséquence des interactions.
    • 3.3 L’économie écologique.
      • Biens communs.
      • Biens tutélaires.
  • 4. Conséquences de la crise actuelle de biodiversité pour les humains.
    • 4.1. Impacts sociaux, économiques et anthropologiques du déclin de la biodiversité.
      • Évaluation monétaire des pertes de services écosystémiques.
        • L’approche coûts-bénéfices.
        • L’approche coût-efficacité.
      • Au-delà de la compilation des valeurs monétaires.
    • 4.2. Effets sur les capacités humaines.
      • Indicateurs de bien-être.
    • 4.3. Diversité des intérêts : enjeux sociaux et politiques.
    • 4.4. Comparaison de socio-écosystèmes selon des critères écologiques, économiques, sociaux et anthropologiques.
• Chapitre 9. Écologie de la conservation.
  • 1. Introduction.
    • 1.1. Objectifs et stratégies de conservation.
    • 1.2. Objectifs de conservation de la biodiversité selon les espaces.
      • Écologie de la préservation et de la restauration.
      • Écologie de la réconciliation.
      • Écologie de la reconnexion.
  • 2. Écologie de la préservation et de la restauration.
    • 2.1. Conservation d’espèces ex situ.
    • 2.2. Conservation in situ : espaces protégés.
      • Acceptabilité socio-économique.
      • Un effet pervers, le report de l’empreinte écologique.
      • Nécessité de connexion entre espaces : les corridors écologiques.
    • 2.3. La restauration des habitats et des espèces.
      • L’attention particulière apportée aux grands vertébrés.
  • 3. Écologie de la réconciliation.
    • 3.1. Ingénierie écologique.
    • 3.2. Économie écologique.
      • Régulation de l’accès aux biens communs.
      • Redéfinition des conditions des aides publiques.
    • 3.3. Gestion des externalités.
      • Rémunération des externalités positives : paiements pour services écosystémiques (P E S)
        • Biodiversité et P E S.
      • Taxation des externalités négatives.
      • Compensation d’impact.
    • 3.4. Le cas de l’agriculture.
      • Scénarios agricoles globaux.
      • Agro-écologie.
      • Rôle de la diversité biologique et des technologies.
      • Pratiques agricoles et scénarios de biodiversité.
  • 4. Écologie de la reconnexion.
    • 4.1. Valeurs et comportements.
      • Limitation de l’empreinte écologique : enjeux culturels.
    • 4.2. Enjeux sociaux.
      • Effets de la diversité des valeurs des individus.
  • 5. Gestion de la complexité : indicateurs, observatoires et scénarios de biodiversité.
    • Rôle des observatoires, indicateurs et scénarios.
    • 5.1 Indicateurs de biodiversité.
      • Indicateurs existants.
      • Indicateurs de services écosystémiques.
      • Indicateurs de fonctionnement des écosystèmes.
        • Indice trophique moyen.
        • Indice de spécialisation des communautés.
      • Diversité spécifique et génétique.
      • Indicateurs d’impacts.
    • 5.2. Indicateurs et communication sur la biodiversité.
    • 5.3. Projections conditionnelles à moyen terme : les scénarios de biodiversité.
      • Scénarios et volition.
      • Scénarios globaux du M E A.
      • Impact attendu de l’agriculture sur la biodiversité.
    • 5.4. Nécessité des observatoires.
      • Science participative.
• Exercices.
  • Chapitre 1. Dynamique des populations.
    • Exercice 1.1. Densité-dépendance.
    • Exercice 1.2. Stochasticité démographique.
    • Exercice 1.3. Mutation.
    • Exercice 1.4. Déficit en hétérozygotes et structures génotypiques.
    • Exercice 1.5. Autofécondation et déficit en hétérozygotes.
    • Exercice 1.6. Valeur sélective et déficit en hétérozygotes.
    • Exercice 1.7. Sélection et maintien du polymorphisme.
    • Exercice 1.8. Théorème fondamental de la sélection naturelle.
    • Exercice 1.9. Allèles délétères récessifs.
    • Exercice 1.10. Anémie falciforme.
    • Exercice 1.11. Différenciation génétique entre populations.
  • Chapitre 2.
    • Exercice 2.1. Stabilité de la coexistence entre deux espèces.
    • Exercice 2.2. Stabilité de la relation proie-prédateur.
    • Exercice 2.3. Mutualisme.
  • Chapitre 3.
    • Exercice 3.1.Cascade trophique.
    • Exercice 3.2. Modèle proie-prédateur à prédation constante.
    • Exercice 3.3. Contraste écosystèmes terrestres et marins.
    • Exercice 3.4. Compétition apparente. Conditions de maintien du compétiteur dominé.
  • Chapitre 4.
    • Exercice 4.1. Règle de Bergmann.
    • Exercice 4.2. Énergie et longueur des chaînes trophique.
  • Chapitre 5.
    • Exercice 5.1. Exploitation d’une population logistique.
  • Chapitre 6.
    • Exercice 6.1. Modèle formalisant la succession primaire.
    • Exercice 6.2. Compétition et limites de similarité.
    • Exercice 6.3. Théorie neutraliste.
    • Exercice 6.4. Règle de Rappoport.
    • Exercice 6.5. Métapopulations et parasitoïdes.
    • Exercice 6.6. Compétition entre deux espèces à l’échelle d’un paysage.
• Glossaire.
  • A
    • Allèle :
    • Analogie :
    • Anthropisé :
    • Autotrophe :
    • Arbre (phylogénétique) du vivant :
  • B
    • Benthique :
    • Benthos :
    • Biocoenose (ou biocénose) :
    • Biodiversité :
    • Biogéographie :
    • Biosphère :
    • Biotope :
  • C
    • CBD (ou CDB) :
    • Clade (ou groupe monophylétique) :
    • Cladistique :
    • Communauté :
    • Convergence évolutive :
  • D
    • Diversité « géno-spécifique » :
  • E
    • Écosystème :
    • Espèce :
    • Eucaryotes :
    • Eutrophe :
    • Évolution convergente :
  • G
    • Gène :
    • Génome :
    • Génotype :
    • Groupe monophylétique :
    • Groupe paraphylétique :
    • Groupe polyphylétique :
    • Guilde :
  • H
    • Habitat, microhabitat :
    • Hétérotrophe :
    • Hétérozygote :
    • Homologie, homologue :
    • Homozygote :
  • L
    • Locus :
  • M
    • Métapopulation :
    • M E A :
    • Mutation :
  • N
    • Necton :
    • Niche écologigue :
  • O
    • Oligotrophe :
  • P
    • Parasitoïdes :
    • Pélagique :
    • Phénotype :
    • Phénétique :
    • Phylogénèse, ou phylogénie :
    • Plancton :
    • Population :
    • Procaryotes :
    • Productivité primaire :
    • Protistes :
  • R
    • Réseau écologique :
    • Réseau trophique :
    • Résilience :
  • S
    • Service écosystémique :
    • Systématique :
  • T
    • Taxon :
    • Traits d’histoire de vie :